Journal of Genetics and Genomics
3 February 2023
基因组和转录组分析能够鉴定与荷斯坦奶牛皮下脂肪沉积相关的重要基因
Hailiang Zhanga,1, Siyuan Mia,1, Luiz F. Britob, Lirong Hua, Lei Wanga, Longgang Maa, Qing Xuc, Gang Guod, Ying Yua,*, Yachun Wanga,*
a 中国农业大学动物科技学院, 农业部动物遗传育种与繁殖实验室, 动物育种国家工程实验室, 北京 100193
b 普渡大学动物科学系,西拉斐特,IN 47907,美国
c 北京交通大学生命科学与生物工程研究所, 北京 100044
d 北京首伦畜牧发展有限公司, 北京 100176
1 这些作者对这项工作做出了同等的贡献。
10.1016/j.jgg.2023.01.011
本研究的主要目的是通过整合基因组和转录组数据集来确定调节高产奶牛皮下脂肪沉积的关键候选基因。总共 1654 头经过基因分型的荷斯坦奶牛被用来进行全基因组关联研究 (GWAS),旨在识别与皮下脂肪沉积相关的基因。随后,根据34头奶牛的RNA测序数据和奶牛皮下脂肪沉积的产量偏差进行加权基因共表达网络分析(WGCNA)。最后,获得了 12 头皮下脂肪沉积具有极端和不同表型的荷斯坦奶牛的差异表达 (DE) mRNA、lncRNA 和差异选择性剪接基因。综合所有研究结果,NID2、STARD3、UFC1、DEDD、PPP1R1B 和 USP21 基因被认为是影响荷斯坦奶牛皮下脂肪沉积性状的最重要的候选基因。
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